Wim van der Panne è nato a Bodegraven.
All'età di 15 anni, ha iniziato a studiare presso la Scuola di Musica di Gouda (organo, pianoforte e materie teoriche).
Ha proseguito lo studio dell'organo sotto la guida di Feike Asma (Paesi Bassi), Flor Peeters (Belgio), Arno Schönstedt (Germania) e Jean Langlais (Francia).
Ha partecipato a numerose trasmissioni radiofoniche ed ha realizzato molte incisioni in qualità di direttore di diversi cori e di organista solista - in quest'ultima veste su alcuni dei più celebri organi dei Paesi Bassi (Sint Janskerk di Gouda, Kathedrale Basiliek di  Haarlem, Hervormde Kerk di Farmsum ed Evangelisch-Lutherse Kerk di L'Aia).
Dopo aver tenuto molti concerti nei Paesi Bassi, in Gran Bretagna, Germania e Francia, nel 1966 ha debuttato negli U.S.A. Negli anni a seguire, ha intrapreso sette tournées in America, esibendosi in più di venti Stati.
Nel 1972, la Societé Arts, Sciences et Lettres di Parigi gli ha conferito la medaglia di bronzo per il suo impegno quale interprete della musica organistica francese.
Nel 1976, la stessa società lo ha premiato con la medaglia d'argento.
È stato organista della Oude Kerk di Voorburg e direttore dei Cori Excelsior di Rijswijk e Laus Deo di Gouda.