Andrew Johnstone è nato a Preston, Lancashire, e ha iniziato i propri studi presso una scuola speciale per gli ipovedenti.
Ha ricevuto le sue prime lezioni di organo e di armonia dal noto insegnante non vedente John Robinson, ed è stato per tre anni Organ Scholar al Worcester College, Oxford, dove ha studiato con Robert Sherlaw Johnson, Thomas Trotter e David Sanger.
È in seguito stato the Organ Scholar alla Cattedrale di Chichester prima di trasferirsi a Dublino nel 1989 come organista assistente alla Cattedrale di St. Patrick.
In seguito all'ottenimento del diploma con lode ad Oxford, il Royal College of Organists gli ha conferito il Fellowship Diploma ed il Limpus Prize.