Milko Bizjak ha ottenuto il diploma in Organo con il massimo dei voti presso l'Accademia di Musica di Zagabria nel 1984, presentando la tesi "L'Organo e l'Arte Organaria in Slovenia". Ha in seguito frequentato corsi di perfezionamento a Praga e a Graz.
Dal 1982 al 1986 ha insegnato presso le Scuole di Organo di Celje, Maribor e Lubiana; dal 1984 al 1993 ha insegnato Pianoforte presso la Scuola di Musica di Kranj; dal 2006 al 2011 è stato docente di Organo presso il Conservatorio Jurij Slatkonja di Novo Mesto. Ha tenuto masterclasses estive di organo in occasione del Festival di Musica Antica di Radovljica e presso la Dom Glasbene Dediščine (Casa del Patrimonio Musicale) di Globodol.
Dal 1989, è consulente esterno presso il Centro di Restauro della Repubblica di Slovenia, nel settore riguardante gli organi del periodo barocco.
Dal 1997 al 2007 è stato direttore artistico del Festival di Musica di Novo Mesto e della rassegna Koncerti ob Svečah ("Concerti a Lume di Candela") di Globodol.
Nel 2000, in occasione del 250simo anniversario della morte di Johann Sebastian Bach, ha organizzato l'estesa serie di concerti Bachov Orgelski Ciklus 2000 ("Ciclo Organistico Bachiano 2000"), integralmente registrata dalla Radio Nazionale e, l'anno seguente, la serie di 70 concerti Orgelska Glasba Evropskih Narodov ("Musica Organistica dalle Nazioni d'Europa").
Dal 2011, insegna organo presso la sua scuola privata.
In seguito a ricerche condotte presso vari archivi musicali di Slovenia e Croazia ed il reperimento di manoscritti di composizioni in precedenza inedite, Milko Bizjak ha curato la pubblicazione di più di duecento brani per organo, per clavicembalo, di musica da camera e vocali-strumentali dei secoli XVII, XVIII e XIX. Tra gli autori più significativi, Antonio Tarsia (1643-1722), Jakob Frančišek Zupan (1734-1810) e Valentin Lechner (1777-1848). Nel 2008, ha trovato il manoscritto "perduto" della prima opera slovena: Belin di Jakob Frančišek Zupan. Tali ricerche sono state alla base della registrazione della collezione di CD Glasbena Dediščina Slovenije ("Il Patrimonio Musicale della Slovenia"). La Televisione Nazionale ha in seguito mandato in onda una serie dallo stesso titolo, e di cui la maggior parte degli episodi è stata trasmessa dal vivo.
Sulla base della sopraccennata tesi di diploma "L'Organo e l'Arte Organaria in Slovenia", ha redatto, insieme con Ed Škulje, la dettagliata monografia "Organi in Slovenia" (pubblicata da DZS, 1985).
Nell'ambito del progetto del restauro degli organi barocchi in Slovenia, di cui è stato l'iniziatore, Milko Bizjak ha realizzato tre documentari dal titolo Orgle na Slovenskem ("Organi in Slovenia") (1991-1992), trasmessi dalla Televisione Nazionale, e la collezione di 7 CD Baročne Orgle ("L'Organo Barocco").
Dal 1979, ha tenuto più di duemila concerti d'organo e di clavicembalo in occasione di importanti rassegne in numerose nazioni europee ed ha realizzato più di 50 incisioni discografiche (CD e DVD). Speciale attenzione è stata riservata alle registrazioni su preziosi strumenti storici.
Tra le sue composizioni, occupano un posto di rilevanza i brani per organo ed i brani vocali-strumentali. Molti di essi sono stati eseguiti in prima assoluta in occasione di importanti festivals.

Sito web del compositore (in lingua slovena): https://milko-bizjak.page.tl/